Кафедра ботаники организована профессором В.Ф. Дягилевым в сентябре 1934 г. Штат кафедры в то время состоял из двух преподавателей, читавших курсы по дисциплинам: ботаника, физиология растений и дарвинизм.

С 1937 г. по 1971 г. кафедру бессменно возглавлял профессор И.С. Буддо. С первых дней создания кафедры велась исследовательская работа по изучению местной флоры, физиологии пшеницы, лекарственных растений. И.С. Буддо создал школу с несколькими научными направлениями: работы В.И. Свередюка, А.Н. Лошаковой, С.П. Гренды, Э.И. Модасовой посвящены изучению дикорастущих кормовых растений, типологии лугов и их деградации при антропогенном воздействии; В.А. Разумова, Б.И. Дулепова, Н.В. Уманская изучали флору и растительность разных районов Иркутской области. Большое внимание уделялось изучению декоративных растений местной флоры, в этом направлении выполнены работы Т.К. Буровой и Ю.В. Лузиной. Под руководством И.С. Буддо одновременно проводились исследования по акклиматизации и интродукции декоративных растений из других географических зон, а также по изучению промысловых охотугодий Иркутской области.

Дело И.С. Буддо продолжили его ученики: Т.К. Бурова прошла путь от лаборанта до заведующей кафедрой ботаники. К.б.н. Т.К. Бурова возглавила кафедру в 1972 году и проработала в должности зав. кафедрой по 1980 год. Долгие годы с 1981 г. по 2001 г. кафедру ботаники и луговодства возглавлял к.с/х.н., доцент В.И. Свередюк, его научные интересы были связаны с изучением биологии кормовых растений, с повышением урожайности сенокосов и пастбищ.

С 2001 г. по май 2008 г. кафедрой заведовала к.б.н., доцент И.А. Лукина. Научные исследования Инны Арсеньевны по адаптации и акклиматизации декоративных и дикорастущих растений в условиях Байкальской Сибири освящены в научных трудах, методических изданиях и монографии.

С 2008 г. по настоящее время кафедру возглавляет д.б.н. профессор Е.Г. Худоногова. Научно-исследовательская деятельность Елены Геннадьевны связана с изучением эколого-биологических особенностей полезных растений Байкальской Сибири. По результатам научных исследований ею опубликовано более 100 научных статей, 3 монографии, 3 Патента РФ, более 20 методических изданий.