Кафедра агроэкологии и химии была создана приказом по Иркутскому государственному аграрному университету 18 ноября 2020 года. Произошло объединение старейших кафедр университета - кафедры агроэкологии, агрохимии, физиологии и защиты растений  и кафедры неорганической, органической и биологической химии.

В 1934 году в период образования института агрохимия входила в состав кафедры почвоведения, которой заведовал профессор Ф.С. Бучило.

В 1935 году агрохимия выделилась в самостоятельную кафедру и функционировала до 1941 года. С 1941 по 1946 годы агрохимию вновь присоединили к кафедре почвоведения и земледелия.

В 1946 году агрохимия вновь выделилась в самостоятельное подразделение под руководством А.Н. Угарова. А.Н.Угаров заведовал кафедрой с 1946- до 1981 года.  В вузе под руководством Алексея Николаевича Угарова была создана уникальная аграрная школа.

С 1981 по 1987 годы кафедрой руководил к. с.-х. н., доцент В.Т. Мальцев.

С 1987 по 2001 год кафедрой руководил к. с.-х. н., доцент В.В. Житов.

С 2001 по 2012 года кафедрой заведовал к. б. н. Н.Н. Дмитриев.

Кафедра сельскохозяйственной экологии была создана в 2000 году для подготовки студентов – специалистов в области агроэкологии. С 2002 по 2006 года кафедрой руководил академик РАЕ и ВШ, д. с.-х. н., проф. Ш.К. Хуснидинов.

Профессор Шарифзян Кадирович Хуснидинов работающий на кафедре более 40 лет, вносит огромный вклад в подготовку высококвалифицированных специалистов в области агрохимии и агроэкологии. Под его руководством защитили   кандидатские диссертации 16 аспирантов и соискателей. Автор свыше 300 научных публикаций, 16 моно­графий, 35 научно-методических изданий, среди них 4 с грифом Министерства сельского хозяйства. Хуснидинов Ш.К. является одним из создателей сорта яровой пшеницы «Ангара 86» и обладателем двух патентов на изобретение. За достигнутые успехи в научно-педагогической деятельности Ш.К. Хуснидинов награжден: Ветеран труда (2005), Академик РАЕ (2007), Член-корреспондент Сибирской академии наук ВШ (2007), Медаль им. Вернадского за успехи в развитии отечественной науки (2007), Медаль им. Вавилова за выдающиеся работы в области генетики, селекции и растениеводства (2009), Медаль им. Нобеля за заслуги в развитии изобретательства (2009), Нагрудным знаком «Золотая кафедра России» за лекторское мастерство и достижения в области развития образования в России (2009), Награжден юбилейной медалью «В память 350 – летия Иркутска (2012), Академик международной академии Аграрного образования (2015), почётными грамотами и благодарностями Министерства сельского хозяйства РФ, Министерства сельского хозяйства Иркутской области, Министерства образования и науки РФ, Губернатора Иркутской области.

С 2013 года Шарифзян Кадирович –  Почетный работник высшего профессионального образования Российской Федерации. В 2017 году присвоено звание Заслуженный работник высшей школы Российской Федерации.

С 2007 по 2012 года кафедрой заведовала - к. б. н., доц. Е.Ш. Дмитриева.

В 2012 году кафедры агрохимии и сельскохозяйственной экологии были преобразованы в одну, получившую название кафедра агроэкологии, агрохимии, физиологии и защиты растений. Заведующими кафедрой были: к.б.н., доц. Дмитриева Е.Ш. (2012) к.б.н., доц. Кузнецова Е. Н. (2012 – 2014), к.с.-х.н. Р.В. Замащиков (2014 – 2017), к.б.н., доц. Е.Ш. Дмитриева (2017 – 2020).

Кафедра химии была образована в 1934 году. Значительный период в развитии кафедры связан с именами талантливых педагогов и ученых Г.К. Кропычевым, проф. П.А. Шершневым, В.Б. Савицким, Е.Г. Сай-Моисеевой.

В 1955 году на должность заведующего кафедрой химии был избран профессор, доктор медицинских наук В.Ф. Дмитриев. С 1963 года по 1981 год кафедрой химии заведовал кандидат химических наук, доцент В.Д. Баранский, проработавший в институте более 40 лет; в период 1981-1992 годы - доцент, кандидат химических наук, выпускница химического факультета Иркутского госуниверситета Л.П. Махно. 

С 1993 года по 2007 год кафедру возглавлял профессор, доктор медицинских наук Б.Я. Власов, большой вклад которого в подготовку квалифицированных научно-педагогических кадров ВУЗа заслуживает глубокого уважения.

С 2007 года кафедрой неорганической, органической и биологической химии руководила выпускница химического факультета Иркутского госуниверситета, доцент,  кандидат химических наук А.К. Подшивалова. 

 Заведующим кафедрой  агроэкологии и химии является Подшивалова А.К.