Война 1941-1945 г.г., объявленная Великой Отечественной, призвала всех граждан Советского Союза, независимо от национальности, социального статуса, возраста объединиться в своей борьбе с фашистскими оккупантами. Четыре военных года страна жила, воевала, трудилась во имя Победы. Только в результате беспредельной любви к Родине, ненависти к врагу, выдержки и самоотверженности, веры в победу – враг был остановлен под Москвой, разбит под Сталинградом, раздавлен на Курской дуге, окончательно уничтожен в ходе Берлинской операции.

Сотни тысяч, миллионы советских граждан уже в первые дни подали заявления о вступлении в Красную Армию. Это были рабочие, сельские труженики, инженерно-технические служащие, студенты высших и средних учебных заведений необъятной страны. В числе первых добровольцев Иркутска были молодые работники и студенты сельскохозяйственного института. Уже третьего июля 1941 года первый отряд «исхинцев» в составе 106 студентов и 14 преподавателей во главе с директором Иваном Ермиловичем Макаровым был отправлен в ряды Красной Армии. В течение всего долгого периода войны на фронт было мобилизовано 570 человек, студентов и работников Иркутского сельскохозяйственного института, большинство из которых пали смертью храбрых на полях сражений, выполнив до конца свой священный долг перед Родиной.

Коллектив Иркутского сельскохозяйственного института вместе со всей страной с честью выдержал суровые и тяжёлые испытания, выпавшие на его долю в неповторимо жестокие дни истинно Отечественной войны.

Отличились в боях многие сибиряки, среди которых были иркутяне, будущие сотрудники ИСХИ – Семён Ильич Хейфец, отважный боец мотострелкового полка в сражениях на реке Халхин-Гол, удостоенный звания Героя Советского Союза в годы Великой Отечественной войны, начальник учебных мастерских института в послевоенные годы. Награждённый почётным нагрудным знаком правительством Монгольской Народной республики за боевые заслуги в послевоенные годы – начальник учебной части военной кафедры ИСХИ полковник Николай Кузьмич Серёгин.  Командир кавалерийского эскадрона в боях у горы Баин-Цаган, в дальнейшем преподаватель военной кафедры сельхозинститута Иван Маркович Баранов. Доцент кафедры Тепловые двигатели и автомобили Александр Николаевич Гаврилов, отличившийся в ожесточённых сражениях у реки Халхин-Гол. Рафаил Михайлович Каменецкий, в послевоенные годы старший преподаватель военной кафедры и философии ИСХИ, отличившийся при штурме линии «Маннергейма». В годы Великой Отечественной войны за боевые заслуги отмечен двумя орденами Красного Знамени, Отечественной войны первой и второй степени, тринадцатью медалями. Красноармеец Иван Александрович Шаламов, доблестно проявивший себя в боях на Карельском перешейке, за храбрость и мужество в боях с немецко-фашистскими оккупантами награждён орденами Красной Звезды, Отечественной войны второй степени, медалями «За боевые заслуги», «За отвагу», «За победу над Германией в Великой Отечественной войны 1941 – 1945гг.». В течение длительного времени подполковник И.А. Шаламов в должности старшего преподавателя военной кафедры ИСХИ будет вести профессиональную и военно-патриотическую работу в стенах института среди студентов всех факультетов.  Эти и др. прославленные воины в мирное время активно проводили благородную работу по воспитанию сибирской молодёжи и студентов Иркутского  сельскохозяйственного института искренними патриотами, защитниками родного Отечества.

В сложные военные годы в связи с уплотнением и размещением в стенах главного корпуса института по ул. Тимирязева 59 военного госпиталя, вуз испытывал острую нехватку учебных аудиторий, помещений для читальных залов, кафедр, лабораторий, учебников, пособий, необходимой литературы. Тем не менее в институте практически не прерывалась плановая учебная, научно-исследовательская и общественная работа. В связи с призывом в ряды Красной Армии многих преподавателей, отдельные кафедры и службы института остались недоукомплектованными необходимыми научно-педагогическими кадрами. Несмотря на острую нехватку кадров высокой квалификации, руководством института предпринимались серьёзные усилия по сохранению высокого уровня преподавания всех дисциплин. Многие ведущие специалисты, как П.А. Яхтенфельд, А.Л. Казинцев, А.И. Иванишин, В.Н. Шерстобоев, А.И. Кузнецова, не считаясь со временем и трудностями, проводили учебную и исследовательскую работу (в пределах возможного) на достойном, отвечающем всем требованиям высшей школы, уровне.

Структура сельскохозяйственного института в годы войны оставалась без изменения, функционировали два факультета – агрономический и механизации сельского хозяйства. А вот количество студентов и преподавателей в годы войны значительно уменьшилось. На всех курсах обучалось в 1941/42 уч.г. – 154; 1942/43 уч.г. – 107; 1943/44 уч.г. – 131; в 1944/45 учебном году – 202 студента.

В годы тяжелейших испытаний весь состав института, включая педагогов, служащих, студентов регулярно привлекался на различные общественные работы: заготовку топлива; посадку, уборку зерновых, кормовых культур на колхозных и совхозных полях; за раненными бойцами в госпиталях, на борьбу с беспризорностью и нарушителями общественного порядка в городе. Был установлен твёрдый напряжённый ритм работы: учебные занятия начинались с 1-го октября, сокращались сроки каникул и длительность экзаменационных сессий, существенно усиливалась недельная нагрузка на студентов. Большое внимание уделялось военно-физкультурной и оборонно-массовой работе; обретению каждым студентом военной специальности: стрелка, пулемётчика, телефониста, медицинской сестры. Сотни студентов проходили подготовку по комплексу ГТО 1-й и 2-й ступени, ВПХО, ОСВОД, ПВО; занимались в спортивных секциях ДСО «Урожай», в кружках «Ворошиловский стрелок». Несколько сокращённый, но, на редкость сплочённый коллектив института во главе с директором Г.И. Назаровым, отлично выполнял свои профессиональные обязанности и вносил серьёзный посильный вклад в укрепление боевой мощи страны, в создание фонда обороны, в сборе тёплых вещей для фронтовиков, денег, ценностей, облигаций на строительство боевой техники для Красной Армии.

В годы Великой Отечественной войны Иркутский сельскохозяйственный институт полностью выполнил свою основную задачу по подготовке необходимых специалистов сельского хозяйства. За это время было выпущено 103 дипломированных агронома, 109 инженеров-техников, а также сотни специалистов массовой квалификации – трактористов, комбайнёров, шоферов. Прошли профессиональную переподготовку многие председатели колхозов, директора совхозов, руководители МТС и другие специалисты общественного сельского хозяйства. Во всём этом была величайшая заслуга работников института всех рангов от ректората, администрации, профессорско-преподавательского состава, до рядовых работников технического персонала, которые своим бескорыстным, высокопрофессиональным трудом вносили свой позитивный вклад в общую победу над ненавистным врагом.