В середине 60-х годов XX в. наблюдались тенденции интенсивного развития сельскохозяйственного производства в Иркутской области. Иркутский сельскохозяйственный институт (ИСХИ), которому исполнилось немногим более 30 лет, продолжал вносить весомый вклад в подготовку специалистов для сельского хозяйства Восточно-Сибирского региона. Увеличилось количество студентов. Возникла необходимость в новом структурном подразделении института.

История экономического факультета начинается с формирования экономического отделения в составе агрономического факультета. Впоследствии, в 1965 г. принято решение о создании в ИСХИ экономического факультета на базе экономического отделения. Организатором и основоположником экономического факультета является профессор Казанский Александр Михайлович, более 30 лет возглавлявший кафедру организации сельскохозяйственного производства.

За период существования факультета его возглавляли:

• профессор А.М. Казанский (1965 - 1967 гг.);
• доцент И.А. Пудеев (1965-1967 гг.);
• доцент П.К.Белобородов (1967-1973 гг.);
• доцент В.И. Ларионов (1974-1979 гг., 1995-2000 гг.);
• доцент Е.П. Борвенко (1980-1984 гг.);
• доцент Ю.М. Уваров (1985-1994 гг.).
• профессор Иваньо Я.М. – 2000-2007 гг.
• доцент Федурина Н.И. – 2007 – 2021 гг.
• доцент Барсукова М.Н. – 2021 – по настоящее время.

После открытия экономического факультета в его состав согласно приказу ИСХИ № 272 от 24 июля 1965 г. вошли следующие кафедры: экономики социалистического сельского хозяйства, организации производства в социалистических сельскохозяйственных предприятиях, истории КПСС, философии и научного коммунизма, политической экономии, статистики и бухгалтерского учета, иностранных языков.

В январе 2015 года экономический факультет переименован в «Институт экономики управления и прикладной информатики». Институт стал структурным подразделением ФГБОУ ВО Иркутский ГАУ.

На протяжении более 55 лет коллективы кафедр готовили специалистов по экономике сельского хозяйства и бухгалтерскому учету, основываясь на учебных планах, отражавших экономические условия в стране. В начале XXI наряду с традиционной подготовкой специалистов открыты новые специальности. В 2001 – «Прикладная информатика в экономике», в 2004 – «Финансы и кредит», в 2012 – «Экономическая безопасность».

За период существования факультета произошли существенные изменения в техническом оснащении учебного процесса. В 1970-х годах н институте появились первые вычислительные машины, в начале 1980-х годов студенты для решения расчетных задач использовали вычислительную машину «НАИРИ», кроме того, для обучения программированию использовались микрокалькуляторы. В конце 1980-х годов появляются первые персональные компьютеры «Электроника», «Искра» и «Нейрон». В начале 1990-х годом аудитории оснащаются персональными компьютерами фирмы IВМ. С этого периода вычислительная техника постоянно возобновляется. В настоящее время студенты института обучаются в 9 компьютерных классах, которые представляют собой локальные сети с подключением к глобальной сети интернет и доступом к электронно-информационной образовательной среде университета, кроме того, компьютерные классы оснащены необходимым специализированным программным обеспечением и интерактивными комплексами и 3D принтерами.

На факультете работали замечательные педагоги и исследователи. Ученый-аграрник Казанский А. М. создал научную школу, подготовив более 30 кандидатов и докторов наук, многие из которых продолжают трудиться в аграрном университете. Выдающимся ученым экономистом, доктором экономических наук, профессором В.Н. Шерстобоевым написана известная книга «Илимская пашня», имеющая большую ценность и теперь. Большую организаторскую и научно-методическую работу проводили З.А. Рысмятов, М.Е. Вильчинский и Л.И. Шамшилевич, В.М. Шуньков., А.К. Кривошеин, Булатов В.П., С.В. Качалова, Е.П. Борвенко,  А.С. Кириленко, Рыков В.М.  и др.